Božidar Mrakovčić rođen je 9. ožujka 1967. u Krku od Antona Mrakovčić i Mare r. Žužić. Nakon završene osnovne škole koju je pohađao u Vrhu i Krku, 1981. je upisao Nadbiskupsku srednju školu za spremanje svećenika Zmajević u Zadru gdje je četiri godine kasnije i maturirao. Teologiju je studirao četiri godine na Visokoj bogoslovskoj školi u Rijeci i dvije godine na Katoličkom bogoslovnom fakultetu u Zagrebu gdje je i diplomirao 26. lipnja 1991. Zaređen je za svećenika 28. lipnja 1992. u Krku. Kao svećenik obnašao je slijedeće službe: župni vikar u Rabu i vjeroučitelj u tamošnjoj osnovnoj i srednjoj školi (1992. - 1993.), odgojitelj i vjeroučitelj u Pazinskom kolegiju (1993. -1995.), župni vikar u Cresu i vjeroučitelj u tamošnjoj osnovnoj školi i gimnaziji (1995. – 1997.).

Od jeseni 1997. započinje postdiplomski studij u Rimu. Magistrirao je iz Svetog Pisma na Papinskom biblijskom institutu 16. listopada 2001. s radnjom na temu «Ozdravljenje uzetoga (Lk 5,17-26)». Iste godine upisao je doktorat na Papinskom sveučilištu Gregoriana gdje je pod vodstvom prof. Klemensa Stocka 11. siječnja 2006. obranio tezu iz biblijske teologije na temu «Trostruki Petrov poziv u evanđelju po Marku».

Od 1. rujna 2005. obnaša dužnost vicerektora u Bogoslovnom sjemeništu «Ivan Pavao II.» u Rijeci i predaje na Teologiji u Rijeci, najprije kao honorarni predavač, a od jeseni 2006. kao viši asistent na katedri Svetoga pisma Novog zavjeta. Član je upravnog odbora Pazinskog kolegija – klasične gimnazije.